Τα εκθέματα αναπτύσσονται σε έξι αίθουσες, καλύπτοντας ένα ευρύ χρονολογικό φάσμα, από την προϊστορική μέχρι και τη ρωμαϊκή εποχή.

Η έκθεση είναι δομημένη χρονολογικά και θεματικά, με ιδιαίτερη βαρύτητα στην επιστημονική παρουσίαση των ευρημάτων και στην ανάδειξη του εκπαιδευτικού χαρακτήρα του μουσείου. Συνοδεύεται από πλούσιο εποπτικό υλικό.

Στον ισόγειο χώρο του κτηρίου λειτουργεί έκθεση αφής και γραφής Braille.