Το πλήθος των ευρημάτων που έρχονταν από παλιά στο φως μαρτυρούσε την ύπαρξη στην περιοχή της Αιανής ενός σημαντικού πολιτισμού. Η ανάγκη προστασίας του οδήγησαν στην ίδρυση της Αρχαιολογικής Συλλογής Αιανής, το 1951-52, από τον διδάσκαλο, Διευθυντή Δημοτικού Σχολείου Αιανής και έκτακτο επιμελητή αρχαιοτήτων έως το 1982, Κωνσταντίνο Σιαμπανόπουλο. Η Συλλογή στεγάστηκε αρχικά στο Δημοτικό Σχολείο, όπου εγκαινιάστηκε το 1960. Στη συνέχεια μεταφέρθηκε στο ισόγειο του Κοινοτικού Καταστήματος, έγινε επανέκθεση από την αρμόδια Εφορεία Αρχαιοτήτων ΙΔ΄ Περιφέρειας και εγκαινιάστηκε το 1969.

Η συστηματική αρχαιολογική έρευνα στην Αιανή, που άρχισε το 1983 από την αρμόδια ΙΖ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Έδεσσας και την Δρ αρχαιολόγο Γεωργία Καραμήτρου-Μεντεσίδη, Επίτιμη Έφορο Αρχαιοτήτων του Υπουργείου Πολιτισμού, ήδη από την έναρξή της έφερε στο φως σημαντικά ευρήματα.

Η συνέχεια των ανασκαφών έμελλε να αλλάξει ριζικά την ιστορία του τόπου, δίνοντας νέα διάσταση στην ιστορία της Μακεδονίας και επιβάλλοντας την κατασκευή ενός μεγάλου και σύγχρονου Αρχαιολογικού Μουσείου.

Για τη στέγαση των ανασκαφικών ευρημάτων παραχωρήθηκε από την Κοινότητα Αιανής, το 1990, ο όροφος του Πνευματικού Κέντρου. Μετά το μεγάλο σεισμό του 1995, τα εκθέματα της παλιάς Αρχαιολογικής Συλλογής όπως και τα ευρήματα των ανασκαφών, μεταφέρθηκαν στο Αρχαιολογικό Μουσείο, η κατασκευή του οποίου ήταν σε εξέλιξη.